add rmarkdowns

[hansvancalster]

Analyses van observed, shannon, simpson indices voor alle soortengroepen en primersets op basis van overkoepelende dataset.

[slambrechts]

@hansvancalster Ik zie dat voor

file:///G:/Gedeelde%20drives/PRJ_MBAG/4c_bodembiodiversiteit/outputs/analyses_diversity.html#312_Annelida_-olig01-_otu

en

file:///G:/Gedeelde%20drives/PRJ_MBAG/4c_bodembiodiversiteit/outputs/analyses_diversity.html#315_Collembola_-coll01-_otu

betabinom2 gebruikt wordt ipv Poisson,

maar tijdens 1 van de vorige vergaderingen zag je dat Poisson een betere fit was voor deze twee. Is dat hier een foutje, of toch bewust?

[hansvancalster]

In het script wordt nu eerst een poisson model gefit, daarna is er een test voor overdispersie via check_overdispersion(). Als die significant is, wordt een negatief Binomiaal model gefit. In die vroegere analyse keken we naar de grafische checks om hierover te beslissen, terwijl het nu dus objectiever is en geautomatiseerd.

[slambrechts]

Dus grafische checks zoals onderstaande voor Annelida_-_olig01_-_otu uit deze Rmd mag ik negeren dan?

[hansvancalster]

Dus grafische checks zoals onderstaande voor Annelida_-olig01-_otu uit deze Rmd mag ik negeren dan?

Ik zou er op zijn minst voorzichtig mee zijn omdat de figuren mij soms verdacht leken en dit wordt ook bevestigd door dit open issue: easystats/performance#654

[slambrechts]

De nieuwe metadata staat in G:\Gedeelde drives\PRJ_MBAG\4c_bodembiodiversiteit\data\Stratificatie_MBAG_plots\MBAG_stratfile_v2_cleaned_12.csv

Hier ook in bijlage:

MBAG_stratfile_v2_cleaned_12.csv

[slambrechts]

Fungi ITS data van ILVO en InseKP data moeten hier ook nog aan het gecombineerde dataframe worden toegevoegd

G:\Gedeelde drives\PRJ_MBAG\4c_bodembiodiversiteit\data\statistiek\Fungi ITS

G:\Gedeelde drives\PRJ_MBAG\4c_bodembiodiversiteit\data\statistiek\InseKP

Maar dat is misschien apart van deze pull request, want deze PR gaat over de Rmd file